Die aktiven Vulkane der Galápagos-Inseln sind ozeanische Schildvulkane, die durch Basaltmagma zunächst unterseeisch aufgebaut werden. Durch ständig erfolgende Lavaströme bildet sich schichtweise ein eher flacher Kegel, der nur an seiner höchsten Stelle steil aufragt und in einer sogenannten Caldera (spanisch: Kessel) gipfelt, eine kreisförmige kraterähnliche Einsenkung, die durch plötzlichen Einbruch des Kraterbodens in eine entleerte Magmakammer entsteht. Die größte Caldera findet man auf Isabela, sie hat einen Durchmesser von 10×8 km.

Typische Lavastrukturen auf Galápagos sind die in frischem Zustand schwarze Pahoehoelava (Pahoehoe = polinesisch: Seil), auch Stricklava genannt und die graue oder rote Aalava (A’a = polinesisch: Schmerz) auch Blocklava genannt. Pahoehoelava entsteht aus sehr dünnflüssiger Basaltlava, die an der Oberfläche durch die Luft erkaltet und nur einen sehr dünnen Film erstarren lässt. Die darunter befindliche flüssige Lava bewegt sich weiter und faltet die Oberflächenhaut immer mehr zusammen und verdreht sie, bis sie von der Struktur her Unmengen nebeneinander liegender und ineinander verwobener Seile gleicht.

In einem Zeitraum von etwa 1 Million Jahre bilden sich auf der Oberfläche und in der Caldera kleine aus dickflüssigerer Lava bestehende Aschenkegel. Danach beginnt die allmähliche Erosion, in deren Verlauf es noch zu einzelnen Ausbrüchen an den Flanken der Schildvulkane kommen kann. Die Aalava entsteht bei langsam fließender Lava, bei der schnell eine dickere Schicht abkühlt, die dann in scharfkantige Schollen zerbricht. Sie werden von der darunter fließenden Lava weitertransportiert und am Ende des Lavastroms aufgetürmt.

Die dünnflüssige und langsam abkühlende Lava bildet häufig sogenannte Lavatunnel, die dadurch entstehen, daß unter der erstarrten Oberflächenhaut die innere flüssige Lava weiterfließt, allmählich versiegt und langgestreckte oft kilometerlange Hohlräume hinterläßt. Ein solch großer und begehbarer Lavatunnel ist auf Santa Cruz zu sehen. In vulkanisch aktiven Gebieten kommt es immer wieder zu Erdbeben und tektonischen Bewegungen, verursacht durch Magmabewegungen in der Tiefe. Sie verursachen mitunter Hebungen, die unterseeisch gebildete Lavadecken mit fossilführenden Schichten über Meeresniveau anheben. Dieses Phänomen findet sich auf Isabela (Urbina Bay) und San Cristóbal und ist verantwortlich für die Entstehung einiger Inseln wie Baltra und Española , die nicht aus Vulkanen entstanden, sondern aus submarinen Laven, die durch tektonische Bewegungen hochgehoben wurden.

Galapagos – erloschene Lava eines Explosionskraters
Über einen Zeitraum von bis zu 10 Million Jahren verwittert die Oberfläche immer mehr und taucht durch das Weiterdriften auf der Nazca-Platte, die zum Festland hin immer stärker abfällt, allmählich im Wasser unter.